Hyper Sudoku — auch Windoku genannt — spielt sich wie klassisches Sudoku, mit vier zusätzlichen 3×3-Bereichen. Jede Zeile, jede Spalte und jedes 3×3-Feld enthält weiterhin die Ziffern 1 bis 9 genau einmal; zusätzlich enthält jeder der vier Hyper-Bereiche (jeweils eine Zelle aus jeder Ecke des Bretts eingerückt) ebenfalls alle Ziffern 1 bis 9.

Die Hyper-Bereiche sind mit durchgezogenen Korallenrahmen markiert. Sie überlappen mit den Standard-3×3-Feldern, sodass eine Ziffer in einem Hyper-Bereich gleichzeitig zwei Bereiche einschränkt.

Die Zusatzregel ist stärker, als sie wirkt. Ein Hyper-Bereich überspannt die Grenze zwischen zwei Standard-Feldern, sodass eine Ziffer, die durch eine Zeilen- oder Spaltenkollision aus der einen Hälfte ausgeschlossen ist, in die andere Hälfte gezwungen wird — selbst wenn die Standard-Feld-Suche das nicht offensichtlich gemacht hat. Wenn ein Rätsel beim Standard-Scannen stockt, liegt der nächste Schluss meist in den Hyper-Bereichen.

Schwere Rätsel setzen auf fortgeschrittene Techniken — gesperrte Kandidaten, nackte Paare, X-Wing. Erwarte systematische Notizen, statt Kandidaten im Kopf zu behalten.

Wenn ein Rätsel festhängt, tritt kurz zurück. Beim zweiten Durchgang erkennt das Auge Muster, die langes Starren nie freilegt.